Después de la muerte del Padre Pío de Pietrelcina, los hermanos de la Santa, sensibles a las necesidades materiales y espirituales de los devotos, a quienes la iglesia existente no podía contener, pensaron en construir una nueva Iglesia. Después de varios proyectos presentados, los hermanos confiaron el diseño de una nueva iglesia que podría acomodar a 6.500 personas al arquitecto Renzo Piano.
Por su tamaño, es la segunda iglesia más grande de Italia, después de San Pietro en Roma.
